La franciscana es un animal de hábitos discretos y difícil de observar en la naturaleza. Por eso, gran parte de su comportamiento continúa siendo un misterio para los investigadores. No suelen saltar y seguir a los barcos, como otras especies de delfines. En general, las franciscanas muestran solo una pequeña parte de la cabeza, del dorso y la aleta dorsal cuando suben brevemente a la superficie para respirar. La mayoría de las veces, es el rostro lo que se ve primero. Sin embargo, las imágenes aéreas han demostrado que son muy ágiles en el agua, con constantes movimientos de cabeza.

Las franciscanas son animales sociales que viven en pequeños grupos familiares de 2 a 5 individuos. Es común encontrar varios grupos en la misma área cuando se alimentan. Durante el período reproductivo forman parejas monógamas.

Los sonidos producidos por la franciscana son muy especiales: emiten clics ultrasónicos (sonidos pulsados de alta frecuencia) muy diferentes a otros delfines. Esos sonidos no pueden ser escuchados por los humanos, pero los clics, una vez grabados, permiten a los investigadores reconocer a la especie solo por el sonido debido a su patrón característico. Además de los clics, la franciscana también tiene la capacidad de producir sonidos tonales, los silbidos, pero que rara vez se registran.

Los sonidos son producidos por el movimiento de aire en los sacos aéreos y son emitidos por la región frontal de la cabeza, conocida como melón. En el caso de los clics, estos rebotan en los obstáculos presentes en el ambiente y retornan en forma de eco, siendo capturados por la mandíbula y transmitidos al oído interno. A partir de esa información, la franciscana consigue crear una imagen acústica del entorno que la rodea, similar a un examen de ultrasonido. A través de ese proceso, llamado ecolocalización, los delfines consiguen encontrar presas y navegar por los océanos.