El estudio de las franciscanas en Santa Catarina se inició en la década de 1980, con el registro de animales muertos en las playas realizado por el Laboratorio de Mamíferos Acuáticos de la Universidad Federal de Santa Catarina (LAMAQ/UFSC). Pero fue en 1994 que la entonces estudiante de biología, Marta Cremer, dio sus primeros pasos en la investigación ecológica sobre la especie, trabajando conjuntamente con los pescadores artesanales del Farol de Santa Marta, en Laguna (SC).

La investigación ecológica sobre franciscanas en Santa Catarina tuvo su inicio en 1994, cuando la entonces estudiante de bióloga Marta Cremer inició un proyecto junto a los pescadores artesanales del Farol de Santa Marta, en Laguna.

En 1996, en el litoral catarinense, Marta realizó el primer registro de las franciscanas de la bahía de Babitonga. Algo considerado improbable en la época ya que se creía que la especie solo estaba presente en aguas costeras de mar abierto. El descubrimiento no cambió mucho el escenario, ya que, a día de hoy, la presencia de franciscanas en bahías y estuarios es poco común. La franciscana de Babitonga se estudia desde entonces, confirmando ser una población residente, considerada como un stock diferente de todas las demás. Babitonga se ha convertido en un escaparate para la franciscana, cuyas imágenes eran extrañas hasta entonces, como también en un laboratorio natural para el desarrollo de varias investigaciones que han contribuido inmensamente para el conocimiento de la especie.

A partir del año 2000, cuando Marta se incorporó como profesora a la UNIVILLE, la investigación con cetáceos en la bahía de Babitonga se consolidó como un proyecto institucional. En 2011, el Proyecto Toninhas fue patrocinado por primera vez por Petrobras, lo que permitió un gran avance en las acciones de investigación y educación ambiental. Desde entonces, el proyecto se dedica a la investigación en diversos aspectos relacionados con la ecología de las especies, a una intensa labor de educación ambiental, buscando la articulación con diferentes sectores de la sociedad y al desarrollo de una comunicación estratégica, que acerque a la sociedad a la conservación marina.

En los últimos años el proyecto ha estado ampliando su área de actuación, buscando contribuir con la conservación de la franciscana en diferentes regiones donde habita la especie, como São Paulo y Paraná, a través de alianzas con instituciones locales.

Actualmente, el Proyecto también centra sus esfuerzos en la búsqueda de soluciones para reducir la mortalidad de la franciscana ocasionada por las capturas accidentales de la pesca.