Las franciscanas viven muy cerca de la costa, por lo que son más susceptibles a los impactos provocados por diferentes actividades humanas, que pueden afectarlas de forma directa o indirecta. La contaminación química del agua puede contaminar a los animales a lo largo de la cadena trófica; la sobrepesca reduce la disponibilidad de alimento en el ambiente; la contaminación sonora, provocada por los barcos, navíos, actividades portuarias y comerciales, genera ruidos en el medio acuático que puede comprometer el sistema auditivo de las franciscanas, causando estrés o hacer que los animales abandonen áreas importantes para su sobrevivencia.

Sin embargo, la mayor amenaza que actualmente afecta a la especie es la mortalidad por captura accidental en redes de enmalle, utilizadas tanto en la pesca artesanal como industrial. Existe una gran superposición entre las áreas de ocupación de las franciscanas y las áreas más utilizadas para la pesca, generando el problema. Las franciscanas quedan atrapadas en las redes y mueren rápidamente asfixiadas. Desde el 2014 la franciscana está incluida en la Lista Oficial de Especies de la Fauna Brasileña Amenazadas de Extinción en la categoría de “en peligro crítico”. A nivel mundial, la franciscana se encuentra en la categoría de “vulnerable” (según la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza – IUCN).