En las aguas de la bahía de Babitonga se encuentra la única población de franciscanas del mundo que reside en una bahía, con aproximadamente 50 individuos. Con abundancia de peces y ausencia de predadores (como orcas y tiburones), esta es una región protegida para la franciscana, que se distribuye preferencialmente entre las islas interiores de la bahía. La población tiene características únicas, que la diferencian de la franciscana que habita en la costa adyacente.

Desde hace más de 20 años el proyecto lleva a cabo investigaciones sobre la franciscana de Babitonga, convirtiendo a la bahía en un verdadero laboratorio natural para el estudio de la especie, convirtiendo esta población en la mejor estudiada del mundo. En Babitonga tienen áreas preferenciales, localizadas principalmente en la parte más interna, entre las islas, consideradas un ambiente esencial para su supervivencia. Utilizando métodos acústicos, también fue posible comprender que los patrones del uso del hábitat son diferentes entre el día y la noche, y que se alimentan más durante la noche.